La hipòtesi bàsica de Bach és que qualsevol malaltia corporal radica en un desequilibri mental. La seva teoria dualista preconitza un conflicte entre  l'ànima immortal i la personalitat, la cura del qual necessita un indispensable reequilibri entre l'esperit i l'ànima per tornar a l'harmonia Inicialment, Bach va descriure dinou estats de desequilibri de l'ànima que més tard va eixamplar a 38. Va associar als sengles estats de desequilibri una flor o un part d'una planta, que va marinar al sol o bullir amb aigua, perquè transmetin les seves «vibracions» a l'aigua. Amb una dissolució extrema d'aquestes essències florals, comparable als mètodes de l'homeopatia, pretenia curar totes les malalties